通常冷凍干燥機(簡稱：凍干機)包括以下幾個系統：
1.制冷系統
制冷系統由制冷壓縮機及輔助設施構成，為干燥箱和冷阱提供冷源。(制冷系統中，除裝有顯示的高、低壓壓力表外還裝有壓力控制器。當高壓壓力過高時高壓繼電器動作，壓縮機停止工作)
2.真空系統
真空系統由干燥箱、冷阱、真空閥門、真空泵、真空管道、真空測量規管等部分組成。真空泵組組成強大的抽吸能力，一方面促使干燥箱的水分在真空狀態下升華，另一方面該系統在冷阱和干燥箱之間形成一個真空度壓力差，使干燥箱水分升華后被冷阱捕獲。
3.循環系統
冷凍干燥和加熱是依靠溫差引起物質傳遞的一種工藝技術。擱板的制冷和加熱都是通過導熱硅油的傳熱來進行，為了使硅油不斷地在整個系統中循環，所以在凍干機管道中加了一個循環泵。
4.液壓系統
主要用在凍干機干燥結束時將瓶塞壓入瓶口。這是選配功能。
5.控制系統
控制系統有可編程程序控制器、觸摸屏、外圍繼電器、傳感器等組成。
